IMP: vscode-specific project structuring (#6)
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4e388ed79a
26 changed files with 1161 additions and 982 deletions
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@ -3,5 +3,9 @@
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"key": "ctrl+w k",
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"command": "workbench.action.focusActiveEditorGroup",
|
||||
"when": "!editorFocus"
|
||||
}
|
||||
]
|
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},
|
||||
{
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"key": "cmd+m",
|
||||
"command": "workbench.action.toggleMaximizedPanel"
|
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},
|
||||
]
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32
vscode/mds.code-workspace
Normal file
32
vscode/mds.code-workspace
Normal file
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@ -0,0 +1,32 @@
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{
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||||
"folders": [
|
||||
{
|
||||
"name": "ccdb-api",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/mds/ccdb-api"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "ccdb-web",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/mds/ccdb-web"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "dotfiles",
|
||||
"path": "/Users/matthew/.dotfiles"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "fathm",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/mds/fathm"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "hibernators",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/mds/hibernators"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "hibernators-web",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/mds/hibernators-web"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "tucotuco",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/mds/tucotuco"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
12
vscode/personal.code-workspace
Normal file
12
vscode/personal.code-workspace
Normal file
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@ -0,0 +1,12 @@
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|||
{
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||||
"folders": [
|
||||
{
|
||||
"name": "dotfiles",
|
||||
"path": "/Users/matthew/.dotfiles"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "elixir-class",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/personal/elixir-class"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
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@ -1,380 +0,0 @@
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|||
[
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||||
{
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||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "keemei",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/Keemei"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "busywork",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/busywork"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "data.qiime2.org",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/data.qiime2.org"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "dev-docs",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/dev-docs"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "discourse-unhandled-tagger",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/discourse-unhandled-tagger"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "docs",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/docs"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "environment-files",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/environment-files"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "galaxy",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/galaxy"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "library",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/library"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "logos",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/logos"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-alignment",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-alignment"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-composition",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-composition"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-cutadapt",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-cutadapt"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-dada2",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-dada2"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-deblur",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-deblur"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-demux",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-demux"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-diversity",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-diversity"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-diversity-lib",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-diversity-lib"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-emperor",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-emperor"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-feature-classifier",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-feature-classifier"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-feature-table",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-feature-table"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-fragment-insertion",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-fragment-insertion"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-gneiss",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-gneiss"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-longitudinal",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-longitudinal"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-metadata",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-metadata"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-phylogeny",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-phylogeny"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-quality-control",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-quality-control"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-quality-filter",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-quality-filter"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-sample-classifier",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-sample-classifier"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-taxa",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-taxa"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-types",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-types"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2-vsearch",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2-vsearch"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2cli",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2cli"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2cwl",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2cwl"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2galaxy",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2galaxy"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2studio",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2studio"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2templates",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2templates"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "q2view",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/q2view"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "qiime2",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/qiime2"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "qiime2.github.io",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/qiime2.github.io"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "template-repo",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/template-repo"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "view.qiime2.org",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/view.qiime2.org"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "vm-playbooks",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/vm-playbooks"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "workshop-playbooks",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/workshop-playbooks"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "qiime2",
|
||||
"name": "workshops.qiime2.org",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/qiime2/workshops.qiime2.org"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "thermokarst",
|
||||
"name": "ccdb-api",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/thermokarst/ccdb-api"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "thermokarst",
|
||||
"name": "ccdb-web",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/thermokarst/ccdb-web"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "thermokarst",
|
||||
"name": "fathm",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/thermokarst/fathm"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "thermokarst",
|
||||
"name": "tucotuco",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/thermokarst/tucotuco"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "caporaso-lab",
|
||||
"name": "caporaso-lab.github.io",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/caporaso-lab/caporaso-lab.github.io"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "caporaso-lab",
|
||||
"name": "pretrained-feature-classifiers",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/caporaso-lab/pretrained-feature-classifiers"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "gregcaporaso",
|
||||
"name": "caporaso-lab-secrets",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/gregcaporaso/caporaso-lab-secrets"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "gregcaporaso",
|
||||
"name": "qiime2-meta-figures",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/src/gregcaporaso/qiime2-meta-figures"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"enabled": true,
|
||||
"group": "",
|
||||
"name": "dotfiles",
|
||||
"paths": [],
|
||||
"rootPath": "$home/.dotfiles"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
244
vscode/qiime2-1.code-workspace
Normal file
244
vscode/qiime2-1.code-workspace
Normal file
|
|
@ -0,0 +1,244 @@
|
|||
{
|
||||
"folders": [
|
||||
{
|
||||
"name": "action-library-packaging",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/action-library-packaging"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "bioconda-recipes",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/bioconda-recipes"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "busywork",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/busywork"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "busywork2_action_playground",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/busywork2_action_playground"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "caporaso-lab-secrets",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/caporaso-lab-secrets"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "caporaso-lab.github.io",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/caporaso-lab.github.io"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "data",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/data"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "data302",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/data302"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "deblur",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/deblur"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "dev-docs",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/dev-docs"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "discourse-unhandled-tagger",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/discourse-unhandled-tagger"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "docs",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/docs"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "dotfiles",
|
||||
"path": "/Users/matthew/.dotfiles"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "environment-files",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/environment-files"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "keemei",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/Keemei"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "library",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/library"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "logos",
|
||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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{
|
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|
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|
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|
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|
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"name": "library",
|
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|
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},
|
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|
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|
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|
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},
|
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{
|
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|
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|
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|
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{
|
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|
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|
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|
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{
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||
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|
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{
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|
||||
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|
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|
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{
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|
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|
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|
||||
{
|
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|
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|
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|
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{
|
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|
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|
||||
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|
||||
{
|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
{
|
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|
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|
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{
|
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|
||||
},
|
||||
{
|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
{
|
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|
||||
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|
||||
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|
||||
{
|
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|
||||
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|
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},
|
||||
{
|
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|
||||
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|
||||
{
|
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|
||||
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|
||||
},
|
||||
{
|
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"name": "q2-mystery-stew",
|
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|
||||
},
|
||||
{
|
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|
||||
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|
||||
},
|
||||
{
|
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|
||||
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|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "q2-phylogeny",
|
||||
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|
||||
},
|
||||
{
|
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|
||||
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|
||||
},
|
||||
{
|
||||
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|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/q2-quality-filter"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "q2-sample-classifier",
|
||||
"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/q2-sample-classifier"
|
||||
},
|
||||
{
|
||||
"name": "q2-shogun",
|
||||
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|
||||
},
|
||||
{
|
||||
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|
||||
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|
||||
},
|
||||
{
|
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|
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|
||||
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|
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{
|
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|
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|
||||
},
|
||||
{
|
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|
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|
||||
},
|
||||
{
|
||||
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|
||||
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|
||||
},
|
||||
{
|
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|
||||
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|
||||
},
|
||||
{
|
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|
||||
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|
||||
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|
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{
|
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|
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|
||||
},
|
||||
{
|
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|
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|
||||
},
|
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{
|
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|
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|
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},
|
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{
|
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|
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|
||||
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|
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{
|
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|
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|
||||
},
|
||||
{
|
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|
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|
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},
|
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|
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|
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|
||||
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|
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{
|
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|
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|
||||
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|
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{
|
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|
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|
||||
},
|
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{
|
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|
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|
||||
},
|
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{
|
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|
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"path": "/Users/matthew/projects/qiime2/workshops.qiime2.org"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
|
|
@ -6,9 +6,22 @@
|
|||
"telemetry.enableCrashReporter": false,
|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
||||
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|
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|
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|
||||
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|
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|
||||
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|
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|
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|
||||
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|
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"[elixir]": {
|
||||
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|
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|
||||
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|
||||
}
|
||||
|
|
|
|||
|
|
@ -7,4 +7,4 @@
|
|||
"command": "make test"
|
||||
}
|
||||
]
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
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