commit
205a932e2a
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api/genera.go
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api/genera.go
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@ -0,0 +1,94 @@
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package api
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import (
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"encoding/json"
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"strconv"
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"github.com/gorilla/mux"
|
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"net/http"
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"github.com/thermokarst/bactdb/models"
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)
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||||||
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func serveGenus(w http.ResponseWriter, r *http.Request) error {
|
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id, err := strconv.ParseInt(mux.Vars(r)["Id"], 10, 0)
|
||||||
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if err != nil {
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return err
|
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}
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genus, err := store.Genera.Get(id)
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if err != nil {
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return err
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}
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||||||
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return writeJSON(w, genus)
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|
}
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func serveCreateGenus(w http.ResponseWriter, r *http.Request) error {
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var genus models.Genus
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err := json.NewDecoder(r.Body).Decode(&genus)
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if err != nil {
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return err
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}
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created, err := store.Genera.Create(&genus)
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if err != nil {
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return err
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}
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if created {
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w.WriteHeader(http.StatusCreated)
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}
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return writeJSON(w, genus)
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}
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func serveGenera(w http.ResponseWriter, r *http.Request) error {
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var opt models.GenusListOptions
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if err := schemaDecoder.Decode(&opt, r.URL.Query()); err != nil {
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return err
|
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}
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genera, err := store.Genera.List(&opt)
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if err != nil {
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return err
|
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}
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if genera == nil {
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genera = []*models.Genus{}
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}
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return writeJSON(w, genera)
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|
}
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func serveUpdateGenus(w http.ResponseWriter, r *http.Request) error {
|
||||||
|
id, _ := strconv.ParseInt(mux.Vars(r)["Id"], 10, 0)
|
||||||
|
var genus models.Genus
|
||||||
|
err := json.NewDecoder(r.Body).Decode(&genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return err
|
||||||
|
}
|
||||||
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||||||
|
updated, err := store.Genera.Update(id, &genus)
|
||||||
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if err != nil {
|
||||||
|
return err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if updated {
|
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|
w.WriteHeader(http.StatusOK)
|
||||||
|
}
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||||||
|
return writeJSON(w, genus)
|
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|
}
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|
||||||
|
func serveDeleteGenus(w http.ResponseWriter, r *http.Request) error {
|
||||||
|
id, _ := strconv.ParseInt(mux.Vars(r)["Id"], 10, 0)
|
||||||
|
|
||||||
|
deleted, err := store.Genera.Delete(id)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if deleted {
|
||||||
|
w.WriteHeader(http.StatusOK)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return writeJSON(w, &models.Genus{})
|
||||||
|
}
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147
api/genera_test.go
Normal file
147
api/genera_test.go
Normal file
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@ -0,0 +1,147 @@
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package api
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||||||
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import (
|
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"testing"
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"github.com/thermokarst/bactdb/models"
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)
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|
func TestGenus_Get(t *testing.T) {
|
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setup()
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|
want := &models.Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
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||||||
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calledGet := false
|
||||||
|
store.Genera.(*models.MockGeneraService).Get_ = func(id int64) (*models.Genus, error) {
|
||||||
|
if id != want.Id {
|
||||||
|
t.Errorf("wanted request for genus %d but got %d", want.Id, id)
|
||||||
|
}
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|
calledGet = true
|
||||||
|
return want, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
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||||||
|
got, err := apiClient.Genera.Get(want.Id)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
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|
if !calledGet {
|
||||||
|
t.Error("!calledGet")
|
||||||
|
}
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||||||
|
if !normalizeDeepEqual(want, got) {
|
||||||
|
t.Errorf("got genus %+v but wanted genus %+v", got, want)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
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||||||
|
func TestGenus_Create(t *testing.T) {
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||||||
|
setup()
|
||||||
|
|
||||||
|
want := &models.Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
|
||||||
|
calledPost := false
|
||||||
|
store.Genera.(*models.MockGeneraService).Create_ = func(genus *models.Genus) (bool, error) {
|
||||||
|
if !normalizeDeepEqual(want, genus) {
|
||||||
|
t.Errorf("wanted request for genus %d but got %d", want, genus)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
calledPost = true
|
||||||
|
return true, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
success, err := apiClient.Genera.Create(want)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if !calledPost {
|
||||||
|
t.Error("!calledPost")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if !success {
|
||||||
|
t.Error("!success")
|
||||||
|
}
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||||||
|
}
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||||||
|
func TestGenus_List(t *testing.T) {
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||||||
|
setup()
|
||||||
|
|
||||||
|
want := []*models.Genus{{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}}
|
||||||
|
wantOpt := &models.GenusListOptions{ListOptions: models.ListOptions{Page: 1, PerPage: 10}}
|
||||||
|
|
||||||
|
calledList := false
|
||||||
|
store.Genera.(*models.MockGeneraService).List_ = func(opt *models.GenusListOptions) ([]*models.Genus, error) {
|
||||||
|
if !normalizeDeepEqual(wantOpt, opt) {
|
||||||
|
t.Errorf("wanted options %d but got %d", wantOpt, opt)
|
||||||
|
}
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|
calledList = true
|
||||||
|
return want, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
genera, err := apiClient.Genera.List(wantOpt)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
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||||||
|
if !calledList {
|
||||||
|
t.Error("!calledList")
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||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
if !normalizeDeepEqual(&want, &genera) {
|
||||||
|
t.Errorf("got genera %+v but wanted genera %+v", genera, want)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
func TestGenus_Update(t *testing.T) {
|
||||||
|
setup()
|
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|
|
||||||
|
want := &models.Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
|
||||||
|
calledPut := false
|
||||||
|
store.Genera.(*models.MockGeneraService).Update_ = func(id int64, genus *models.Genus) (bool, error) {
|
||||||
|
if id != want.Id {
|
||||||
|
t.Errorf("wanted request for genus %d but got %d", want.Id, id)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if !normalizeDeepEqual(want, genus) {
|
||||||
|
t.Errorf("wanted request for genus %d but got %d", want, genus)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
calledPut = true
|
||||||
|
return true, nil
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
success, err := apiClient.Genera.Update(1, want)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
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||||||
|
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|
if !calledPut {
|
||||||
|
t.Error("!calledPut")
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|
}
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if !success {
|
||||||
|
t.Error("!success")
|
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|
}
|
||||||
|
}
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|
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||||||
|
func TestGenus_Delete(t *testing.T) {
|
||||||
|
setup()
|
||||||
|
|
||||||
|
want := &models.Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
|
||||||
|
calledDelete := false
|
||||||
|
store.Genera.(*models.MockGeneraService).Delete_ = func(id int64) (bool, error) {
|
||||||
|
if id != want.Id {
|
||||||
|
t.Errorf("wanted request for genus %d but got %d", want.Id, id)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
calledDelete = true
|
||||||
|
return true, nil
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
success, err := apiClient.Genera.Delete(1)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if !calledDelete {
|
||||||
|
t.Error("!calledDelete")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if !success {
|
||||||
|
t.Error("!success")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
|
@ -18,9 +18,17 @@ var (
|
||||||
|
|
||||||
func Handler() *mux.Router {
|
func Handler() *mux.Router {
|
||||||
m := router.API()
|
m := router.API()
|
||||||
|
|
||||||
m.Get(router.User).Handler(handler(serveUser))
|
m.Get(router.User).Handler(handler(serveUser))
|
||||||
m.Get(router.CreateUser).Handler(handler(serveCreateUser))
|
m.Get(router.CreateUser).Handler(handler(serveCreateUser))
|
||||||
m.Get(router.Users).Handler(handler(serveUsers))
|
m.Get(router.Users).Handler(handler(serveUsers))
|
||||||
|
|
||||||
|
m.Get(router.Genus).Handler(handler(serveGenus))
|
||||||
|
m.Get(router.CreateGenus).Handler(handler(serveCreateGenus))
|
||||||
|
m.Get(router.Genera).Handler(handler(serveGenera))
|
||||||
|
m.Get(router.UpdateGenus).Handler(handler(serveUpdateGenus))
|
||||||
|
m.Get(router.DeleteGenus).Handler(handler(serveDeleteGenus))
|
||||||
|
|
||||||
return m
|
return m
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
|
@ -1,6 +1,8 @@
|
||||||
package datastore
|
package datastore
|
||||||
|
|
||||||
import (
|
import (
|
||||||
|
"errors"
|
||||||
|
|
||||||
"github.com/jmoiron/modl"
|
"github.com/jmoiron/modl"
|
||||||
"github.com/thermokarst/bactdb/models"
|
"github.com/thermokarst/bactdb/models"
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
@ -8,9 +10,15 @@ import (
|
||||||
// A datastore access point (in PostgreSQL)
|
// A datastore access point (in PostgreSQL)
|
||||||
type Datastore struct {
|
type Datastore struct {
|
||||||
Users models.UsersService
|
Users models.UsersService
|
||||||
|
Genera models.GeneraService
|
||||||
dbh modl.SqlExecutor
|
dbh modl.SqlExecutor
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
var (
|
||||||
|
ErrNoRowsUpdated = errors.New(`no rows updated`)
|
||||||
|
ErrNoRowsDeleted = errors.New(`no rows deleted`)
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
// NewDatastore creates a new client for accessing the datastore (in PostgreSQL).
|
// NewDatastore creates a new client for accessing the datastore (in PostgreSQL).
|
||||||
// If dbh is nil, it uses the global DB handle.
|
// If dbh is nil, it uses the global DB handle.
|
||||||
func NewDatastore(dbh modl.SqlExecutor) *Datastore {
|
func NewDatastore(dbh modl.SqlExecutor) *Datastore {
|
||||||
|
@ -20,11 +28,13 @@ func NewDatastore(dbh modl.SqlExecutor) *Datastore {
|
||||||
|
|
||||||
d := &Datastore{dbh: dbh}
|
d := &Datastore{dbh: dbh}
|
||||||
d.Users = &usersStore{d}
|
d.Users = &usersStore{d}
|
||||||
|
d.Genera = &generaStore{d}
|
||||||
return d
|
return d
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
func NewMockDatastore() *Datastore {
|
func NewMockDatastore() *Datastore {
|
||||||
return &Datastore{
|
return &Datastore{
|
||||||
Users: &models.MockUsersService{},
|
Users: &models.MockUsersService{},
|
||||||
|
Genera: &models.MockGeneraService{},
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
|
@ -26,7 +26,7 @@ var connectOnce sync.Once
|
||||||
func Connect() {
|
func Connect() {
|
||||||
connectOnce.Do(func() {
|
connectOnce.Do(func() {
|
||||||
var err error
|
var err error
|
||||||
DB.Dbx, err = sqlx.Open("postgres", "sslmode=disable")
|
DB.Dbx, err = sqlx.Open("postgres", "timezone=UTC sslmode=disable")
|
||||||
if err != nil {
|
if err != nil {
|
||||||
log.Fatal("Error connecting to PostgreSQL database (using PG* environment variables): ", err)
|
log.Fatal("Error connecting to PostgreSQL database (using PG* environment variables): ", err)
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
85
datastore/genera.go
Normal file
85
datastore/genera.go
Normal file
|
@ -0,0 +1,85 @@
|
||||||
|
package datastore
|
||||||
|
|
||||||
|
import (
|
||||||
|
"strings"
|
||||||
|
|
||||||
|
"github.com/thermokarst/bactdb/models"
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
func init() {
|
||||||
|
DB.AddTableWithName(models.Genus{}, "genera").SetKeys(true, "Id")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
type generaStore struct {
|
||||||
|
*Datastore
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *generaStore) Get(id int64) (*models.Genus, error) {
|
||||||
|
var genus []*models.Genus
|
||||||
|
if err := s.dbh.Select(&genus, `SELECT * FROM genera WHERE id=$1;`, id); err != nil {
|
||||||
|
return nil, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if len(genus) == 0 {
|
||||||
|
return nil, models.ErrGenusNotFound
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return genus[0], nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *generaStore) Create(genus *models.Genus) (bool, error) {
|
||||||
|
if err := s.dbh.Insert(genus); err != nil {
|
||||||
|
if strings.Contains(err.Error(), `violates unique constraint "genus_idx"`) {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return true, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *generaStore) List(opt *models.GenusListOptions) ([]*models.Genus, error) {
|
||||||
|
if opt == nil {
|
||||||
|
opt = &models.GenusListOptions{}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
var genera []*models.Genus
|
||||||
|
err := s.dbh.Select(&genera, `SELECT * FROM genera LIMIT $1 OFFSET $2;`, opt.PerPageOrDefault(), opt.Offset())
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return nil, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return genera, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *generaStore) Update(id int64, genus *models.Genus) (bool, error) {
|
||||||
|
_, err := s.Get(id)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if id != genus.Id {
|
||||||
|
return false, models.ErrGenusNotFound
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
changed, err := s.dbh.Update(genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if changed == 0 {
|
||||||
|
return false, ErrNoRowsUpdated
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return true, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *generaStore) Delete(id int64) (bool, error) {
|
||||||
|
genus, err := s.Get(id)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
deleted, err := s.dbh.Delete(genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if deleted == 0 {
|
||||||
|
return false, ErrNoRowsDeleted
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return true, nil
|
||||||
|
}
|
140
datastore/genera_test.go
Normal file
140
datastore/genera_test.go
Normal file
|
@ -0,0 +1,140 @@
|
||||||
|
package datastore
|
||||||
|
|
||||||
|
import (
|
||||||
|
"reflect"
|
||||||
|
"testing"
|
||||||
|
|
||||||
|
"github.com/thermokarst/bactdb/models"
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
func TestGeneraStore_Get_db(t *testing.T) {
|
||||||
|
want := &models.Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
|
||||||
|
tx, _ := DB.Begin()
|
||||||
|
defer tx.Rollback()
|
||||||
|
|
||||||
|
// Test on a clean database
|
||||||
|
tx.Exec(`DELETE FROM genera;`)
|
||||||
|
if err := tx.Insert(want); err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
d := NewDatastore(tx)
|
||||||
|
genus, err := d.Genera.Get(1)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
normalizeTime(&want.CreatedAt, &want.UpdatedAt, &want.DeletedAt)
|
||||||
|
if !reflect.DeepEqual(genus, want) {
|
||||||
|
t.Errorf("got genus %+v, want %+v", genus, want)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func TestGeneraStore_Create_db(t *testing.T) {
|
||||||
|
genus := &models.Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
|
||||||
|
tx, _ := DB.Begin()
|
||||||
|
defer tx.Rollback()
|
||||||
|
|
||||||
|
// Test on a clean database
|
||||||
|
tx.Exec(`DELETE FROM genera;`)
|
||||||
|
|
||||||
|
d := NewDatastore(tx)
|
||||||
|
created, err := d.Genera.Create(genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if !created {
|
||||||
|
t.Error("!created")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if genus.Id == 0 {
|
||||||
|
t.Error("want nonzero genus.Id after submitting")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func TestGeneraStore_List_db(t *testing.T) {
|
||||||
|
want := []*models.Genus{{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}}
|
||||||
|
|
||||||
|
tx, _ := DB.Begin()
|
||||||
|
defer tx.Rollback()
|
||||||
|
|
||||||
|
// Test on a clean database
|
||||||
|
tx.Exec(`DELETE FROM genera;`)
|
||||||
|
if err := tx.Insert(want[0]); err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
d := NewDatastore(tx)
|
||||||
|
genera, err := d.Genera.List(&models.GenusListOptions{ListOptions: models.ListOptions{Page: 1, PerPage: 10}})
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for _, g := range want {
|
||||||
|
normalizeTime(&g.CreatedAt, &g.UpdatedAt, &g.DeletedAt)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if !reflect.DeepEqual(genera, want) {
|
||||||
|
t.Errorf("got genera %+v, want %+v", genera, want)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func TestGeneraStore_Update_db(t *testing.T) {
|
||||||
|
tx, _ := DB.Begin()
|
||||||
|
defer tx.Rollback()
|
||||||
|
|
||||||
|
// Test on a clean database
|
||||||
|
tx.Exec(`DELETE FROM genera;`)
|
||||||
|
|
||||||
|
d := NewDatastore(nil)
|
||||||
|
// Add a new record
|
||||||
|
genus := &models.Genus{GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
created, err := d.Genera.Create(genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if !created {
|
||||||
|
t.Error("!created")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Tweak it
|
||||||
|
genus.GenusName = "Updated Genus"
|
||||||
|
updated, err := d.Genera.Update(genus.Id, genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if !updated {
|
||||||
|
t.Error("!updated")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func TestGeneraStore_Delete_db(t *testing.T) {
|
||||||
|
tx, _ := DB.Begin()
|
||||||
|
defer tx.Rollback()
|
||||||
|
|
||||||
|
// Test on a clean database
|
||||||
|
tx.Exec(`DELETE FROM genera;`)
|
||||||
|
|
||||||
|
d := NewDatastore(tx)
|
||||||
|
// Add a new record
|
||||||
|
genus := &models.Genus{GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
created, err := d.Genera.Create(genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if !created {
|
||||||
|
t.Error("!created")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Delete it
|
||||||
|
deleted, err := d.Genera.Delete(genus.Id)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Fatal(err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if !deleted {
|
||||||
|
t.Error("!delete")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
5
datastore/migrations/00002_AddGenera_down.sql
Normal file
5
datastore/migrations/00002_AddGenera_down.sql
Normal file
|
@ -0,0 +1,5 @@
|
||||||
|
-- bactdb
|
||||||
|
-- Matthew R Dillon
|
||||||
|
|
||||||
|
DROP TABLE genera;
|
||||||
|
|
19
datastore/migrations/00002_AddGenera_up.sql
Normal file
19
datastore/migrations/00002_AddGenera_up.sql
Normal file
|
@ -0,0 +1,19 @@
|
||||||
|
-- bactdb
|
||||||
|
-- Matthew R Dillon
|
||||||
|
|
||||||
|
CREATE TABLE genera (
|
||||||
|
id BIGSERIAL NOT NULL,
|
||||||
|
genusname CHARACTER VARYING(100),
|
||||||
|
|
||||||
|
createdat TIMESTAMP WITH TIME ZONE,
|
||||||
|
updatedat TIMESTAMP WITH TIME ZONE,
|
||||||
|
deletedat TIMESTAMP WITH TIME ZONE,
|
||||||
|
|
||||||
|
CONSTRAINT genus_pkey PRIMARY KEY (id)
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
|
CREATE UNIQUE INDEX genusname_idx
|
||||||
|
ON genera
|
||||||
|
USING btree
|
||||||
|
(genusname COLLATE pg_catalog."default");
|
||||||
|
|
|
@ -17,6 +17,7 @@ import (
|
||||||
// A Client communicates with bactdb's HTTP API.
|
// A Client communicates with bactdb's HTTP API.
|
||||||
type Client struct {
|
type Client struct {
|
||||||
Users UsersService
|
Users UsersService
|
||||||
|
Genera GeneraService
|
||||||
|
|
||||||
// BaseURL for HTTP requests to bactdb's API.
|
// BaseURL for HTTP requests to bactdb's API.
|
||||||
BaseURL *url.URL
|
BaseURL *url.URL
|
||||||
|
@ -45,6 +46,7 @@ func NewClient(httpClient *http.Client) *Client {
|
||||||
httpClient: httpClient,
|
httpClient: httpClient,
|
||||||
}
|
}
|
||||||
c.Users = &usersService{c}
|
c.Users = &usersService{c}
|
||||||
|
c.Genera = &generaService{c}
|
||||||
return c
|
return c
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
200
models/genera.go
Normal file
200
models/genera.go
Normal file
|
@ -0,0 +1,200 @@
|
||||||
|
package models
|
||||||
|
|
||||||
|
import (
|
||||||
|
"errors"
|
||||||
|
"net/http"
|
||||||
|
"strconv"
|
||||||
|
"time"
|
||||||
|
|
||||||
|
"github.com/thermokarst/bactdb/router"
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
// A Genus is a high-level classifier in bactdb.
|
||||||
|
type Genus struct {
|
||||||
|
Id int64 `json:"id,omitempty"`
|
||||||
|
GenusName string `json:"genus_name"`
|
||||||
|
CreatedAt time.Time `json:"created_at"`
|
||||||
|
UpdatedAt time.Time `json:"updated_at"`
|
||||||
|
DeletedAt time.Time `json:"deleted_at"`
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// GeneraService interacts with the genus-related endpoints in bactdb's API.
|
||||||
|
type GeneraService interface {
|
||||||
|
// Get a genus.
|
||||||
|
Get(id int64) (*Genus, error)
|
||||||
|
|
||||||
|
// List all genera.
|
||||||
|
List(opt *GenusListOptions) ([]*Genus, error)
|
||||||
|
|
||||||
|
// Create a new genus. The newly created genus's ID is written to genus.Id
|
||||||
|
Create(genus *Genus) (created bool, err error)
|
||||||
|
|
||||||
|
// Update an existing genus.
|
||||||
|
Update(id int64, genus *Genus) (updated bool, err error)
|
||||||
|
|
||||||
|
// Delete an existing genus.
|
||||||
|
Delete(id int64) (deleted bool, err error)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
var (
|
||||||
|
ErrGenusNotFound = errors.New("genus not found")
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
type generaService struct {
|
||||||
|
client *Client
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *generaService) Get(id int64) (*Genus, error) {
|
||||||
|
// Pass in key value pairs as strings, so that the gorilla mux URL
|
||||||
|
// generation is happy.
|
||||||
|
strId := strconv.FormatInt(id, 10)
|
||||||
|
|
||||||
|
url, err := s.client.url(router.Genus, map[string]string{"Id": strId}, nil)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return nil, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
req, err := s.client.NewRequest("GET", url.String(), nil)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return nil, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
var genus *Genus
|
||||||
|
_, err = s.client.Do(req, &genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return nil, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return genus, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *generaService) Create(genus *Genus) (bool, error) {
|
||||||
|
url, err := s.client.url(router.CreateGenus, nil, nil)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
req, err := s.client.NewRequest("POST", url.String(), genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
resp, err := s.client.Do(req, &genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return resp.StatusCode == http.StatusCreated, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
type GenusListOptions struct {
|
||||||
|
ListOptions
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *generaService) List(opt *GenusListOptions) ([]*Genus, error) {
|
||||||
|
url, err := s.client.url(router.Genera, nil, opt)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return nil, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
req, err := s.client.NewRequest("GET", url.String(), nil)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return nil, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
var genera []*Genus
|
||||||
|
_, err = s.client.Do(req, &genera)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return nil, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return genera, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *generaService) Update(id int64, genus *Genus) (bool, error) {
|
||||||
|
strId := strconv.FormatInt(id, 10)
|
||||||
|
|
||||||
|
url, err := s.client.url(router.UpdateGenus, map[string]string{"Id": strId}, nil)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
req, err := s.client.NewRequest("PUT", url.String(), genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
resp, err := s.client.Do(req, &genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return resp.StatusCode == http.StatusOK, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *generaService) Delete(id int64) (bool, error) {
|
||||||
|
strId := strconv.FormatInt(id, 10)
|
||||||
|
|
||||||
|
url, err := s.client.url(router.DeleteGenus, map[string]string{"Id": strId}, nil)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
req, err := s.client.NewRequest("DELETE", url.String(), nil)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
var genus *Genus
|
||||||
|
resp, err := s.client.Do(req, &genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
return false, err
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
return resp.StatusCode == http.StatusOK, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
type MockGeneraService struct {
|
||||||
|
Get_ func(id int64) (*Genus, error)
|
||||||
|
List_ func(opt *GenusListOptions) ([]*Genus, error)
|
||||||
|
Create_ func(genus *Genus) (bool, error)
|
||||||
|
Update_ func(id int64, genus *Genus) (bool, error)
|
||||||
|
Delete_ func(id int64) (bool, error)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
var _ GeneraService = &MockGeneraService{}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *MockGeneraService) Get(id int64) (*Genus, error) {
|
||||||
|
if s.Get_ == nil {
|
||||||
|
return nil, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return s.Get_(id)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *MockGeneraService) Create(genus *Genus) (bool, error) {
|
||||||
|
if s.Create_ == nil {
|
||||||
|
return false, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return s.Create_(genus)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *MockGeneraService) List(opt *GenusListOptions) ([]*Genus, error) {
|
||||||
|
if s.List_ == nil {
|
||||||
|
return nil, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return s.List_(opt)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *MockGeneraService) Update(id int64, genus *Genus) (bool, error) {
|
||||||
|
if s.Update_ == nil {
|
||||||
|
return false, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return s.Update_(id, genus)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func (s *MockGeneraService) Delete(id int64) (bool, error) {
|
||||||
|
if s.Delete_ == nil {
|
||||||
|
return false, nil
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return s.Delete_(id)
|
||||||
|
}
|
167
models/genera_test.go
Normal file
167
models/genera_test.go
Normal file
|
@ -0,0 +1,167 @@
|
||||||
|
package models
|
||||||
|
|
||||||
|
import (
|
||||||
|
"net/http"
|
||||||
|
"reflect"
|
||||||
|
"testing"
|
||||||
|
|
||||||
|
"github.com/thermokarst/bactdb/router"
|
||||||
|
)
|
||||||
|
|
||||||
|
func TestGeneraService_Get(t *testing.T) {
|
||||||
|
setup()
|
||||||
|
defer teardown()
|
||||||
|
|
||||||
|
want := &Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
|
||||||
|
var called bool
|
||||||
|
mux.HandleFunc(urlPath(t, router.Genus, map[string]string{"Id": "1"}), func(w http.ResponseWriter, r *http.Request) {
|
||||||
|
called = true
|
||||||
|
testMethod(t, r, "GET")
|
||||||
|
|
||||||
|
writeJSON(w, want)
|
||||||
|
})
|
||||||
|
|
||||||
|
genus, err := client.Genera.Get(1)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Errorf("Genera.Get returned error: %v", err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if !called {
|
||||||
|
t.Fatal("!called")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
normalizeTime(&want.CreatedAt, &want.UpdatedAt, &want.DeletedAt)
|
||||||
|
|
||||||
|
if !reflect.DeepEqual(genus, want) {
|
||||||
|
t.Errorf("Genera.Get returned %+v, want %+v", genus, want)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func TestGeneraService_Create(t *testing.T) {
|
||||||
|
setup()
|
||||||
|
defer teardown()
|
||||||
|
|
||||||
|
want := &Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
|
||||||
|
var called bool
|
||||||
|
mux.HandleFunc(urlPath(t, router.CreateGenus, nil), func(w http.ResponseWriter, r *http.Request) {
|
||||||
|
called = true
|
||||||
|
testMethod(t, r, "POST")
|
||||||
|
testBody(t, r, `{"id":1,"genus_name":"Test Genus","created_at":"0001-01-01T00:00:00Z","updated_at":"0001-01-01T00:00:00Z","deleted_at":"0001-01-01T00:00:00Z"}`+"\n")
|
||||||
|
|
||||||
|
w.WriteHeader(http.StatusCreated)
|
||||||
|
writeJSON(w, want)
|
||||||
|
})
|
||||||
|
|
||||||
|
genus := &Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
created, err := client.Genera.Create(genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Errorf("Genera.Create returned error: %v", err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if !created {
|
||||||
|
t.Error("!created")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if !called {
|
||||||
|
t.Fatal("!called")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
normalizeTime(&want.CreatedAt, &want.UpdatedAt, &want.DeletedAt)
|
||||||
|
if !reflect.DeepEqual(genus, want) {
|
||||||
|
t.Errorf("Genera.Create returned %+v, want %+v", genus, want)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func TestGeneraService_List(t *testing.T) {
|
||||||
|
setup()
|
||||||
|
defer teardown()
|
||||||
|
|
||||||
|
want := []*Genus{{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}}
|
||||||
|
|
||||||
|
var called bool
|
||||||
|
mux.HandleFunc(urlPath(t, router.Genera, nil), func(w http.ResponseWriter, r *http.Request) {
|
||||||
|
called = true
|
||||||
|
testMethod(t, r, "GET")
|
||||||
|
testFormValues(t, r, values{})
|
||||||
|
|
||||||
|
writeJSON(w, want)
|
||||||
|
})
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||||||
|
|
||||||
|
genera, err := client.Genera.List(nil)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Errorf("Genera.List returned error: %v", err)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if !called {
|
||||||
|
t.Fatal("!called")
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for _, u := range want {
|
||||||
|
normalizeTime(&u.CreatedAt, &u.UpdatedAt, &u.DeletedAt)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if !reflect.DeepEqual(genera, want) {
|
||||||
|
t.Errorf("Genera.List return %+v, want %+v", genera, want)
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
func TestGeneraService_Update(t *testing.T) {
|
||||||
|
setup()
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||||||
|
defer teardown()
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||||||
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||||||
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want := &Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
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||||||
|
var called bool
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||||||
|
mux.HandleFunc(urlPath(t, router.UpdateGenus, map[string]string{"Id": "1"}), func(w http.ResponseWriter, r *http.Request) {
|
||||||
|
called = true
|
||||||
|
testMethod(t, r, "PUT")
|
||||||
|
testBody(t, r, `{"id":1,"genus_name":"Test Genus Updated","created_at":"0001-01-01T00:00:00Z","updated_at":"0001-01-01T00:00:00Z","deleted_at":"0001-01-01T00:00:00Z"}`+"\n")
|
||||||
|
|
||||||
|
w.WriteHeader(http.StatusOK)
|
||||||
|
writeJSON(w, want)
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||||||
|
})
|
||||||
|
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||||||
|
genus := &Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus Updated"}
|
||||||
|
updated, err := client.Genera.Update(1, genus)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Errorf("Genera.Update returned error: %v", err)
|
||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
|
if !updated {
|
||||||
|
t.Error("!updated")
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||||||
|
}
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||||||
|
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|
if !called {
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|
t.Fatal("!called")
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||||||
|
}
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||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
|
func TestGeneraService_Delete(t *testing.T) {
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||||||
|
setup()
|
||||||
|
defer teardown()
|
||||||
|
|
||||||
|
want := &Genus{Id: 1, GenusName: "Test Genus"}
|
||||||
|
|
||||||
|
var called bool
|
||||||
|
mux.HandleFunc(urlPath(t, router.DeleteGenus, map[string]string{"Id": "1"}), func(w http.ResponseWriter, r *http.Request) {
|
||||||
|
called = true
|
||||||
|
testMethod(t, r, "DELETE")
|
||||||
|
|
||||||
|
w.WriteHeader(http.StatusOK)
|
||||||
|
writeJSON(w, want)
|
||||||
|
})
|
||||||
|
|
||||||
|
deleted, err := client.Genera.Delete(1)
|
||||||
|
if err != nil {
|
||||||
|
t.Errorf("Genera.Delete returned error: %v", err)
|
||||||
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
if !deleted {
|
||||||
|
t.Error("!deleted")
|
||||||
|
}
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||||||
|
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||||||
|
if !called {
|
||||||
|
t.Fatal("!called")
|
||||||
|
}
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||||||
|
}
|
|
@ -4,8 +4,17 @@ import "github.com/gorilla/mux"
|
||||||
|
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||||||
func API() *mux.Router {
|
func API() *mux.Router {
|
||||||
m := mux.NewRouter()
|
m := mux.NewRouter()
|
||||||
|
|
||||||
|
// Users
|
||||||
m.Path("/users").Methods("GET").Name(Users)
|
m.Path("/users").Methods("GET").Name(Users)
|
||||||
m.Path("/users").Methods("POST").Name(CreateUser)
|
m.Path("/users").Methods("POST").Name(CreateUser)
|
||||||
m.Path("/users/{Id:.+}").Methods("GET").Name(User)
|
m.Path("/users/{Id:.+}").Methods("GET").Name(User)
|
||||||
|
|
||||||
|
// Genera
|
||||||
|
m.Path("/genera").Methods("GET").Name(Genera)
|
||||||
|
m.Path("/genera").Methods("POST").Name(CreateGenus)
|
||||||
|
m.Path("/genera/{Id:.+}").Methods("GET").Name(Genus)
|
||||||
|
m.Path("/genera/{Id:.+}").Methods("PUT").Name(UpdateGenus)
|
||||||
|
m.Path("/genera/{Id:.+}").Methods("DELETE").Name(DeleteGenus)
|
||||||
return m
|
return m
|
||||||
}
|
}
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||||||
|
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|
@ -4,4 +4,10 @@ const (
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||||||
User = "user"
|
User = "user"
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||||||
CreateUser = "user:create"
|
CreateUser = "user:create"
|
||||||
Users = "users"
|
Users = "users"
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||||||
|
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||||||
|
Genus = "genus"
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||||||
|
CreateGenus = "genus:create"
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||||||
|
Genera = "genera"
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||||||
|
UpdateGenus = "genus:update"
|
||||||
|
DeleteGenus = "genus:delete"
|
||||||
)
|
)
|
||||||
|
|
2
test.sh
2
test.sh
|
@ -1,4 +1,4 @@
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||||||
#!/usr/bin/env bash
|
#!/usr/bin/env bash
|
||||||
|
|
||||||
PGTZ=UTC PGSSLMODE=disable go test -v ./...
|
go test -v ./...
|
||||||
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||||||
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